Existen dos teorías sobre el lugar de la "fundación de facto" de la ciudad celebrada el 6 de agosto de 1538 por el español Gonzalo Jiménez de Quesada. La primera en el lugar hoy conocido como Parque Santander que los indios llamaban "mercado de hierbas" y en donde el fundador estableció su residencia, y la segunda en el lugar hoy conocido como "Chorro de Quevedo" en el sector de La Candelaria, el lugar que normalmente se usaba como sitio de descanso del Zipa en las épocas de lluvias, y que se adaptaba muy bien a las necesidades militares de los españoles. Jiménez de Quesada también realizó la "fundación jurídica" en abril de 1539 junto con Nicolás Federmann y Sebastián de Belalcázar.

Durante la mayor parte del periodo colonial, Bogotá fue la sede del gobierno del Virreinato de Nueva Granada, acogiendo a los virreyes del mismo. Junto con Cartagena de Indias, fue la ciudad más importante en el territorio de la Nueva Granada. En Bogotá vivían algunos de los criollos más influyentes del Virreinato, por lo que en gran medida fue allí donde se gestó el movimiento independentista, que llevó a los hechos del 20 de julio de 1810, conocidos como la primera independencia de Colombia. Si bien el territorio fue reconquistado por los españoles poco después, finalmente en 1819 se dio la independencia definitiva.