Santa Fe de Bogotá se convirtió en capital de la Gran Colombia, que se disolvió poco después en los hoy estados separados de Ecuador, Colombia y Venezuela. La historia de Colombia y Bogotá en el resto de ese siglo es una seguidilla de guerras civiles, de las cuales la más trascendental fue la Guerra de los Mil Días (1899-1902) en la que las facciones conservadora y liberal desangraron al país. Esta guerra dio la bienvenida al Siglo XX. En esta época la población de la ciudad rondaba los 100.000 habitantes.

Con el siglo se inició un periodo de florecimiento urbanístico, que desarrollo la ciudad hasta el punto de ser considerada "la Atenas suramericana".