En el año 2000 Antanas Mockus es elegido para un nuevo periodo al frente de la ciudad. En 2003 Luis Eduardo Garzón gana las elecciones para el periodo 2004-2007 y forma la primera administración de tendencia cercana a la socialista que ha conocido la ciudad en toda su historia.

El 28 de abril de 2004 23 personas, entre ellas 21 estudiantes del Colegio Agustiniano Norte, fallecen debido a un accidente en la Avenida Suba durante la construcción de la Fase II del sistema TransMilenio.

Para el año 2007 la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO) proclamó a Bogotá la Capital Mundial del Libro del año 2007.

En el año 2009, el Alcalde Samuel Moreno Rojas, planteó un proyecto para construir un metro que atraviese la ciudad de Bogotá (2011-2016)