Tras haber firmado la desmovilización del M-19, su líder Carlos Pizarro León-Gomez se presenta como candidato presidencial, pero cae asesinado dentro de un avión en Bogotá.

A partir de esta época, la ciudad experimenta importantes cambios durante las administraciones de los alcaldes Jaime Castro Castro, Antanas Mockus y Enrique Peñalosa. Se inicia la construcción del exitoso sistema de transporte TransMilenio, considerado orgullo de los bogotanos y objeto de estudio por diferentes organizaciones internacionales.