En 1984 es asesinado por sicarios en el norte de la ciudad el ministro de justicia Rodrigo Lara Bonilla. Esta acción dio inicio a la confrontación del estado contra los principales carteles del narcotráfico en el país.

Noviembre de 1985 constituye el mes más trágico de la historia de la nación. El día 6 un escuadrón del M-19 dirige una operación que concluye con la toma del Palacio de Justicia en Bogotá, que se convierte en una verdadera carnicería donde mueren decenas de personas. En la noche del día 13 un cráter del Nevado del Ruiz entra en erupción, provocando el deshielo de una parte de este último, lo que hizo crecer el nivel de las aguas del río Lagunilla, causando la Tragedia de Armero. Bogotá se ve desbordada por los miles de damnificados provenientes de esta población.

A finales de esta década y comienzos de la siguiente los líderes del narcotráfico desarrollan una serie de atentados terroristas en Bogotá y otras ciudades del país. Varios artefactos explosivos son instalados en sectores comerciales de la ciudad, un avión e incluso en la sede central del DAS (la principal agencia de inteligencia). La situación se salda con varios centenares de víctimas civiles y el recrudecimiento de la guerra contra el narcotráfico impulsada por la DEA. Esta década se cierra con la muerte del líder narcotraficante José Gonzalo Rodriguez Gacha, (alias "el mexicano"), que cayó abatido por las fuerzas oficiales de la nación.